Produkt należy stosować przede wszystkim w okresach niskiej aktywności lotnej pszczół (późnym popołudniem, wieczorem). Aby uniknąć przedawkowania produktu VarroMed u poszczególnych pszczół, należy starać się równomiernie rozprowadzić produkt na pszczoły, szczególnie w kłębie zimowym. Nie należy stosować produktu VarroMed w okresie pożytku nektarowego ani wówczas, gdy w ulu znajdują się plastry z miodem. Przed zastosowaniem należy ogrzać produkt do temperatury wynoszącej od 25°C do 35°C, a następnie dobrze wstrząsnąć.
Przed podaniem zaleca się usunięcie mostków woskowych między górnymi listewkami ramek. Nie należy podnosić ramek w czasie podawania produktu i mniej więcej przez tydzień po ostatnim cyklu leczenia. Aby ustalić poziom inwazji roztoczy w ulu, należy kontrolować śmiertelność roztoczy: należy monitorować osypane roztocza na wkładce dennicowej ula przed pierwszym cyklem leczenia, a następnie maksymalnie 6 dni po każdym cyklu leczenia. Należy przeprowadzić jednoczesne leczenie wszystkich rodzin pszczelich znajdujących się w danym miejscu, aby zminimalizować ryzyko ponownej inwazji roztoczy.